一、列冊歷史建築與紀念建築之法定評估基準
依據《文化資產保存法》與文化部相關基準，郭姓祖祠具備極為卓越且不可替代的四大核心價值：
一、具高度歷史價值
1. 三百年地域開發見證：建於明末清初，見證臺南歸仁早期甘蔗種植、製糖「頭家館」與土庫溝船舶海運拓墾史。
2. 「郭光侯事件」核心場域：臺灣清治時期唯一在京師開三堂會審之重大抗糧抗官案，祖祠正是此歷史事件的核心空間容器。
3. 歷史人物與活態民間信仰：郭光侯犧牲奉獻，獲立「為民捐軀武生郭陞科祿位」與神格化為「郭府光侯聖爺」，延續為世代相傳的活態信仰。
二、具高度藝術價值
1. 宏偉合院格局：原為「九包五，三落百二門」，現存正身與兩側護龍配置完整，尺度莊嚴。
2. 罕見雙翹脊燕尾：民間宗祠絕無僅有之雙翹脊形制，展現先祖卓越成就與古典建築之美。
3. 傳統構造工法：土角砌造牆體、白石灰面層、紅筒瓦屋面，完整保存清代臺灣南部營造傳統技術精華。
三、具稀少性，不易再現
1. 全臺僅見之斑紋磚：西側拱門所用之斑紋磚，燒製工藝無人知曉，為全臺古蹟古厝孤品。
2. 門前雙龍目井：梯形磚與梯形弧形磚各異工法構築，東西對應，至今泉脈活水長流。
3. 複合歷史價值的凝結體：結合了家族史、產業史、水運史、反抗苛政民權史與神格化信仰，其深層文化厚度無法被複製。
二、未來的保存與活化願景
郭姓祖祠管理委員會持續結合宗親力量、學術界以及社區團體，積極推動：
- 歷史建築列冊登錄：完成法定審查程序，爭取文化部與文化局專案修復資源挹注。
- 數位文化資產典藏：透過現代影像、古地圖對照與3D數位技術，完整建立祖祠數位檔案資料庫。
- 社區文史導覽與扎根教育：定期舉辦過港仔聚落走讀文史營，讓臺灣年輕世代走進古厝，理解祖先的勇氣與智慧。